MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Paratyphi A str. ATCC 9150 chromosome

Total Repeats: 80127

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_006511	CAC	3	9	204	212	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412277
2	NC_006511	ACC	2	6	217	222	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412277
3	NC_006511	CGG	2	6	354	359	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
4	NC_006511	ACCA	2	8	466	473	50 %	0 %	0 %	50 %	56412278
5	NC_006511	TGG	2	6	476	481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412278
6	NC_006511	GAT	2	6	483	488	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412278
7	NC_006511	A	6	6	491	496	100 %	0 %	0 %	0 %	56412278
8	NC_006511	CGG	2	6	501	506	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
9	NC_006511	T	6	6	545	550	0 %	100 %	0 %	0 %	56412278
10	NC_006511	GC	3	6	575	580	0 %	0 %	50 %	50 %	56412278
11	NC_006511	CTG	2	6	664	669	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
12	NC_006511	CGC	2	6	693	698	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
13	NC_006511	A	6	6	716	721	100 %	0 %	0 %	0 %	56412278
14	NC_006511	GATC	2	8	777	784	25 %	25 %	25 %	25 %	56412278
15	NC_006511	CTG	2	6	796	801	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
16	NC_006511	CGC	2	6	858	863	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
17	NC_006511	TGG	2	6	932	937	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412278
18	NC_006511	CCG	3	9	965	973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
19	NC_006511	GCC	2	6	979	984	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
20	NC_006511	CTG	2	6	999	1004	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
21	NC_006511	CT	3	6	1105	1110	0 %	50 %	0 %	50 %	56412278
22	NC_006511	CGA	2	6	1233	1238	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412278
23	NC_006511	AAC	2	6	1273	1278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56412278
24	NC_006511	GAT	2	6	1317	1322	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412278
25	NC_006511	GGC	2	6	1329	1334	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
26	NC_006511	CGC	2	6	1344	1349	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
27	NC_006511	GGT	2	6	1371	1376	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412278
28	NC_006511	TCC	2	6	1390	1395	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	56412278
29	NC_006511	TG	3	6	1417	1422	0 %	50 %	50 %	0 %	56412278
30	NC_006511	GC	3	6	1436	1441	0 %	0 %	50 %	50 %	56412278
31	NC_006511	CCG	2	6	1446	1451	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
32	NC_006511	GCT	2	6	1491	1496	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
33	NC_006511	TGT	2	6	1536	1541	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56412278
34	NC_006511	TTC	2	6	1582	1587	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56412278
35	NC_006511	CAATAT	2	12	1605	1616	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	56412278
36	NC_006511	TCT	2	6	1636	1641	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56412278
37	NC_006511	TGG	2	6	1658	1663	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412278
38	NC_006511	ACG	2	6	1670	1675	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412278
39	NC_006511	CCA	2	6	1679	1684	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412278
40	NC_006511	CGG	2	6	1755	1760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
41	NC_006511	CGG	2	6	1764	1769	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
42	NC_006511	GAA	2	6	1809	1814	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412278
43	NC_006511	GT	3	6	1832	1837	0 %	50 %	50 %	0 %	56412278
44	NC_006511	GCG	2	6	1838	1843	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
45	NC_006511	ATC	2	6	1967	1972	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412278
46	NC_006511	TTG	2	6	1988	1993	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56412278
47	NC_006511	TCG	2	6	2086	2091	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
48	NC_006511	ACT	2	6	2096	2101	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412278
49	NC_006511	CGC	3	9	2118	2126	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
50	NC_006511	CTG	2	6	2200	2205	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
51	NC_006511	TGA	2	6	2214	2219	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412278
52	NC_006511	CT	3	6	2254	2259	0 %	50 %	0 %	50 %	56412278
53	NC_006511	TC	3	6	2292	2297	0 %	50 %	0 %	50 %	56412278
54	NC_006511	GC	3	6	2314	2319	0 %	0 %	50 %	50 %	56412278
55	NC_006511	CG	3	6	2345	2350	0 %	0 %	50 %	50 %	56412278
56	NC_006511	GAC	2	6	2512	2517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412278
57	NC_006511	GCC	2	6	2524	2529	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412278
58	NC_006511	TGA	2	6	2547	2552	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412278
59	NC_006511	AGGTA	2	10	2553	2562	40 %	20 %	40 %	0 %	56412278
60	NC_006511	TAT	2	6	2686	2691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56412278
61	NC_006511	TGC	2	6	2708	2713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412278
62	NC_006511	ATG	2	6	2732	2737	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412278
63	NC_006511	CGG	3	9	2741	2749	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412278
64	NC_006511	AGC	2	6	2917	2922	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412279
65	NC_006511	GCC	2	6	2968	2973	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412279
66	NC_006511	A	7	7	3060	3066	100 %	0 %	0 %	0 %	56412279
67	NC_006511	CGT	2	6	3106	3111	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412279
68	NC_006511	CGC	2	6	3112	3117	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412279
69	NC_006511	ATGA	2	8	3128	3135	50 %	25 %	25 %	0 %	56412279
70	NC_006511	GCA	2	6	3207	3212	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412279
71	NC_006511	TGA	2	6	3258	3263	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412279
72	NC_006511	GAA	2	6	3266	3271	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412279
73	NC_006511	ATT	2	6	3278	3283	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56412279
74	NC_006511	CAG	2	6	3287	3292	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412279
75	NC_006511	TGA	2	6	3304	3309	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412279
76	NC_006511	ATTGC	2	10	3396	3405	20 %	40 %	20 %	20 %	56412279
77	NC_006511	GCC	2	6	3464	3469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412279
78	NC_006511	TGA	2	6	3474	3479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412279
79	NC_006511	CG	4	8	3503	3510	0 %	0 %	50 %	50 %	56412279
80	NC_006511	GC	3	6	3558	3563	0 %	0 %	50 %	50 %	56412279
81	NC_006511	CGG	2	6	3705	3710	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412279
82	NC_006511	AGT	2	6	3718	3723	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412279
83	NC_006511	CAG	2	6	3809	3814	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412280
84	NC_006511	T	8	8	3819	3826	0 %	100 %	0 %	0 %	56412280
85	NC_006511	TGA	2	6	3862	3867	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412280
86	NC_006511	GCA	2	6	3937	3942	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412280
87	NC_006511	CG	3	6	3962	3967	0 %	0 %	50 %	50 %	56412280
88	NC_006511	AG	3	6	4000	4005	50 %	0 %	50 %	0 %	56412280
89	NC_006511	CGG	2	6	4060	4065	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412280
90	NC_006511	GCG	2	6	4098	4103	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412280
91	NC_006511	CGGCG	2	10	4144	4153	0 %	0 %	60 %	40 %	56412280
92	NC_006511	GTC	2	6	4190	4195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412280
93	NC_006511	CG	3	6	4206	4211	0 %	0 %	50 %	50 %	56412280
94	NC_006511	GGC	2	6	4253	4258	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412280
95	NC_006511	TGA	2	6	4324	4329	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412280
96	NC_006511	GAA	2	6	4331	4336	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412280
97	NC_006511	GCC	2	6	4383	4388	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412280
98	NC_006511	CTA	2	6	4405	4410	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412280
99	NC_006511	CTG	2	6	4502	4507	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412280
100	NC_006511	CGC	2	6	4543	4548	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412280
101	NC_006511	GATG	2	8	4633	4640	25 %	25 %	50 %	0 %	56412280
102	NC_006511	CAGC	2	8	4642	4649	25 %	0 %	25 %	50 %	56412280
103	NC_006511	GGA	2	6	4669	4674	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56412280
104	NC_006511	CCG	2	6	4681	4686	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412280
105	NC_006511	CTGA	2	8	4700	4707	25 %	25 %	25 %	25 %	56412280
106	NC_006511	GCG	2	6	4718	4723	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412280
107	NC_006511	GAT	2	6	4727	4732	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412280
108	NC_006511	ACA	2	6	4741	4746	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56412280
109	NC_006511	GCG	2	6	4793	4798	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412280
110	NC_006511	AAAG	2	8	4880	4887	75 %	0 %	25 %	0 %	56412280
111	NC_006511	GCT	2	6	4954	4959	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412280
112	NC_006511	CAT	2	6	4964	4969	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412280
113	NC_006511	CTGC	2	8	4970	4977	0 %	25 %	25 %	50 %	56412280
114	NC_006511	GCC	2	6	4985	4990	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412280
115	NC_006511	ATG	2	6	5003	5008	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412280
116	NC_006511	TCA	2	6	5163	5168	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412281
117	NC_006511	AAT	2	6	5228	5233	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56412281
118	NC_006511	TCA	2	6	5242	5247	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412281
119	NC_006511	CG	3	6	5251	5256	0 %	0 %	50 %	50 %	56412281
120	NC_006511	T	6	6	5258	5263	0 %	100 %	0 %	0 %	56412281
121	NC_006511	ACC	2	6	5277	5282	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412281
122	NC_006511	TCA	2	6	5301	5306	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412281
123	NC_006511	TTC	2	6	5340	5345	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56412281
124	NC_006511	CAC	3	9	5384	5392	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412281
125	NC_006511	CG	3	6	5470	5475	0 %	0 %	50 %	50 %	56412281
126	NC_006511	AG	3	6	5552	5557	50 %	0 %	50 %	0 %	56412281
127	NC_006511	CAAAAT	2	12	5578	5589	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	56412281
128	NC_006511	CGT	2	6	5593	5598	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412281
129	NC_006511	GCG	2	6	5755	5760	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412281
130	NC_006511	GCT	2	6	5788	5793	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412281
131	NC_006511	AATCAG	2	12	5873	5884	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	56412281
132	NC_006511	CAC	2	6	7696	7701	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412282
133	NC_006511	TC	3	6	7772	7777	0 %	50 %	0 %	50 %	56412282
134	NC_006511	CAG	2	6	7844	7849	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412282
135	NC_006511	AGC	2	6	7850	7855	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412282
136	NC_006511	CG	3	6	7859	7864	0 %	0 %	50 %	50 %	56412282
137	NC_006511	CAG	2	6	7865	7870	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412282
138	NC_006511	GTT	2	6	7871	7876	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56412282
139	NC_006511	CG	3	6	7957	7962	0 %	0 %	50 %	50 %	56412282
140	NC_006511	ATG	2	6	8022	8027	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412282
141	NC_006511	AAG	2	6	8106	8111	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412282
142	NC_006511	GCT	2	6	8131	8136	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412282
143	NC_006511	GCGT	2	8	8155	8162	0 %	25 %	50 %	25 %	56412282
144	NC_006511	AAGA	2	8	8237	8244	75 %	0 %	25 %	0 %	56412282
145	NC_006511	TAC	2	6	8297	8302	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412282
146	NC_006511	CGT	2	6	8323	8328	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412282
147	NC_006511	CT	3	6	8450	8455	0 %	50 %	0 %	50 %	56412282
148	NC_006511	GCA	2	6	8512	8517	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412282
149	NC_006511	A	6	6	8592	8597	100 %	0 %	0 %	0 %	56412282
150	NC_006511	CTG	2	6	8609	8614	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412282
151	NC_006511	GCG	2	6	8777	8782	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412283
152	NC_006511	TGGC	2	8	8818	8825	0 %	25 %	50 %	25 %	56412283
153	NC_006511	ACC	2	6	8836	8841	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	56412283
154	NC_006511	ATC	2	6	8884	8889	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412283
155	NC_006511	TGA	2	6	8913	8918	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412283
156	NC_006511	GCT	2	6	9228	9233	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412283
157	NC_006511	TCCG	2	8	9278	9285	0 %	25 %	25 %	50 %	56412283
158	NC_006511	GTC	2	6	9309	9314	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412283
159	NC_006511	CAG	2	6	9528	9533	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412284
160	NC_006511	GC	3	6	9572	9577	0 %	0 %	50 %	50 %	56412284
161	NC_006511	GGC	2	6	9579	9584	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412284
162	NC_006511	GAA	2	6	9597	9602	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412284
163	NC_006511	CAG	2	6	9690	9695	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412284
164	NC_006511	GAAC	2	8	9717	9724	50 %	0 %	25 %	25 %	56412284
165	NC_006511	T	6	6	9762	9767	0 %	100 %	0 %	0 %	56412284
166	NC_006511	CAG	2	6	9774	9779	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412284
167	NC_006511	CCG	2	6	9802	9807	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412284
168	NC_006511	AAT	2	6	9828	9833	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	56412284
169	NC_006511	A	6	6	9847	9852	100 %	0 %	0 %	0 %	56412284
170	NC_006511	TGG	2	6	9878	9883	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412284
171	NC_006511	CAT	2	6	10109	10114	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412285
172	NC_006511	TCG	2	6	10115	10120	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412285
173	NC_006511	CAGG	2	8	10121	10128	25 %	0 %	50 %	25 %	56412285
174	NC_006511	CCG	2	6	10141	10146	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412285
175	NC_006511	CGC	2	6	10196	10201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412285
176	NC_006511	GCC	2	6	10211	10216	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412285
177	NC_006511	GCA	2	6	10231	10236	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412285
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180	NC_006511	TTC	2	6	10355	10360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56412285
181	NC_006511	TCT	2	6	10420	10425	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	56412285
182	NC_006511	A	6	6	10440	10445	100 %	0 %	0 %	0 %	56412285
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184	NC_006511	CAG	2	6	10523	10528	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412285
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219	NC_006511	AAG	2	6	12381	12386	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	56412287
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243	NC_006511	AAC	2	6	13448	13453	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	56412287
244	NC_006511	GAC	2	6	13463	13468	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412287
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248	NC_006511	ATC	2	6	13690	13695	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412288
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256	NC_006511	GCGTG	2	10	13979	13988	0 %	20 %	60 %	20 %	56412288
257	NC_006511	GGA	2	6	14015	14020	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	56412288
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263	NC_006511	GGC	2	6	14411	14416	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412288
264	NC_006511	GGT	2	6	14421	14426	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	56412288
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266	NC_006511	GC	3	6	14539	14544	0 %	0 %	50 %	50 %	56412288
267	NC_006511	CGGT	2	8	14581	14588	0 %	25 %	50 %	25 %	56412288
268	NC_006511	GGC	2	6	14637	14642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412288
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275	NC_006511	TTA	2	6	15156	15161	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56412289
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281	NC_006511	TTA	2	6	15310	15315	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	56412289
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387	NC_006511	CTTTT	2	10	23386	23395	0 %	80 %	0 %	20 %	56412294
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391	NC_006511	TTTA	2	8	23491	23498	25 %	75 %	0 %	0 %	56412294
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393	NC_006511	TTTC	2	8	23545	23552	0 %	75 %	0 %	25 %	56412294
394	NC_006511	TGA	2	6	23558	23563	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412294
395	NC_006511	AT	3	6	23575	23580	50 %	50 %	0 %	0 %	56412294
396	NC_006511	CG	3	6	23645	23650	0 %	0 %	50 %	50 %	56412294
397	NC_006511	ACG	2	6	23746	23751	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412294
398	NC_006511	TGA	2	6	23782	23787	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	56412294
399	NC_006511	GC	4	8	23788	23795	0 %	0 %	50 %	50 %	56412294
400	NC_006511	GCT	2	6	23840	23845	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	56412294
401	NC_006511	TCTG	2	8	23948	23955	0 %	50 %	25 %	25 %	56412294
402	NC_006511	A	7	7	23960	23966	100 %	0 %	0 %	0 %	56412294
403	NC_006511	GGC	2	6	23992	23997	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412294
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405	NC_006511	TGT	2	6	24514	24519	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	56412295
406	NC_006511	TAC	2	6	24536	24541	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412295
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409	NC_006511	CTGTT	2	10	24593	24602	0 %	60 %	20 %	20 %	56412295
410	NC_006511	GGC	2	6	24674	24679	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412295
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424	NC_006511	CGC	2	6	25337	25342	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	56412296
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427	NC_006511	AT	3	6	25373	25378	50 %	50 %	0 %	0 %	56412296
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431	NC_006511	TAC	2	6	25624	25629	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	56412296
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438	NC_006511	GGC	2	6	25981	25986	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	56412297
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441	NC_006511	GCCT	2	8	26105	26112	0 %	25 %	25 %	50 %	56412297
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453	NC_006511	GAC	2	6	26642	26647	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	56412297
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